Nel maggio del 1999 si è concluso uno dei restauri più complessi degli ultimi decenni: l'Ultima Cena di Leonardo da Vinci.
Dal 1985 al 1991, con il coordinamento dell'Istituto Centrale per il Restauro (direttori Michele d'Elia e Umberto Baldini), si è proceduto ad una approfondita campagna di studi e di analisi affidata a vari istituti di ricerca nazionali ed internazionali.
Ottenute molte risposte dalle analisi ai quesiti posti dai tecnici delle due Soprintendenze milanesi, a partire dal 1992, si riprese più intensamente il restauro della pittura e si decise di modificare leggermente anche la metodologia di intervento, in accordo con l'Istituto Centrale per il restauro.
A questa fase risale la decisione di integrare a rigatino in acquerello le lacune della pittura. Frattanto un progetto di filtraggio dell'aria e il nuovo sistema di accesso al Refettorio (mediante due "camere stagne" che impedivano l'afflusso diretto dell'aria esterna) veniva posto in opera dalla Soprintendenza per i Beni ambientali e architettonici nel 1994 col finanziamento del Ministero per i Beni Culturali e Ambientali (direzione dei lavori: arch. R.Cecchi).
Ai finanziamenti statali, dal 1983, si è affiancata, per quanto riguarda la prosecuzione del restauro della pittura, la Società Olivetti, che si è fatta anche carico della completa campagna fotografica di documentazione dell'intervento e di numerose analisi e ricerche (nonché di alcune pubblicazioni che documentavano, passo dopo passo, i lavori svolti e che furono edite, nei "Quaderni di restauro", nel 1988 e nel 1990).
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